La jornada 38, última jornada de Liga, se recibió en casa al Getafe y se perdió por 0-3. El primer gol lo marcó Soldado en el minuto 13, con un fuerte disparó raso. El propio Jurado marcó el segundo en el 66, controlando con clase un pase de Forlán y definiendo raso y pegado al palo. En la jornada 33 tocó visitar el estadio del Villarreal, donde se perdió por 2-1. Godín adelantó a los amarillos en el marcador en el minuto 20, rematando un saque de córner, y Rossi hizo el segundo al filo del descanso tras un lío de la defensa en el área. La jornada 37, penúltima, se jugó contra el Sporting de Gijón en el estadio El Molinón, donde se empató a 1. El primer gol lo marcó Miguel de las Cuevas, exjugador atlético, tras ganarle la espalda a la defensa en el minuto 57. Ibrahima, canterano atlético, marcó el empate en el 71 empalmando un fuerte derechazo.
En la jornada 34, contra el Tenerife, el Atlético volvió a las victorias en casa, esta vez por 3-1. El primer gol fue de Salvio, a los 9 minutos y medio. El segundo, también de Salvio, fue a la media hora de partido. Sin embargo, con 43 puntos, el equipo aseguraba matemáticamente su permanencia en Primera División, por lo que se ahorraba disgustos de última hora. Quedaban cinco partidos y había que remontar 9 puntos, tarea prácticamente imposible. Y con esta mentalidad conformista se viajó al Sánchez Pizjuán en la jornada 35, donde se perdió por 3-1. El primer gol lo marcó Luis Fabiano, a los cinco minutos tras un saque de córner. En el minuto 71, tras un saque de falta algo escorado, cabeceó el segundo gol visitante. Protesta el Pizjuán una falta de Mendy sobre Lamela. El tercer gol, golazo de Agüero en una jugada particular tras un contragolpe, sentencia el partido en el minuto 77. La victoria no tuvo ningún efecto sobre la situación liguera del Atleti, ni tampoco lo acercó en número de puntos a los puestos europeos. Entre ellos hay un mínimo de ocho plazas reservadas exclusivamente para jugadores formados localmente, esto es, en la cantera del club.
Además, vinieron una serie de jugadores como los defensas Murúa y Sañudo, los delanteros Hicks y Carlos, cedido por el F. C. Barcelona, que junto con otros de la cantera como Viti, Vili, Berto, Luis Manuel, y otros fichados a otros equipos como Gorriarán, Juliá, Elcacho o Tomás, que fueron debutando durante esta larga etapa, conformaron un cuadro que no solo obtuvo brillantemente el ascenso dicha temporada sino que además lograron consolidar al club en Primera División en los siguientes años. Su primer presidente fue Octavio Augusto Milego Díaz, principal impulsor del club, gracias en principio a una moneda lanzada al aire entre él y Gonzalo Medina, considerado el primer mecenas del club; pero el sorteo fue pactado entre los fundadores para que el elegido como presidente fuese Milego. La jornada 36 se jugó en el Vicente Calderón contra el Valladolid, y el Atlético de Madrid volvió a vencer como local por 3-1. El primer gol llegó en el minuto 42, cuando Juanito remató un centro de Jurado marcando su primer gol como rojiblanco. En el 52, brasil camiseta futbol un clamoroso fallo de la defensa provocó el segundo gol de Soldado. Remató forzado Joselu con la izquierda y el portero la toca para evitar el primer gol del partido.
La mala noticia del partido fue la lesión de Asenjo, que regresaba a los terrenos de juego y completó una actuación nefasta. En 1992 fichó por el Elche C. F., donde se retiró dos años más tarde debido a una lesión de rodilla. A continuación, en el año 2000 se diseñó un nuevo escudo con un estilo más moderno, en el que predominaba un color azul más claro y que tuvo una versión con las letras «RO» y otra sin ellas, ambas oficiales. «El Cruzeiro, el segundo equipo que compra Ronaldo Nazario tras el Valladolid». La derrota, aunque mantenía al equipo en el décimo lugar, alejaba tres puntos más los puestos europeos. Estos tres puntos lo aupaban de una intrascendente décima posición a un noveno puesto no mucho más ambicioso. Con esta última derrota, totalmente olvidable tras el título europeo conseguido pocos días antes, el Atlético finalizaba el campeonato liguero en una discreta novena posición, con 47 puntos. La derrota resultó totalmente intrascendente para un Atlético que había renunciado ya a pelear por sus últimas esperanzas de acceder a competición europea a través de la Liga. El 27 de febrero conquistó la Copa de la Liga frente al Southampton (3-2), dando la asistencia a Zlatan Ibrahimović en el minuto 87 para ganar el encuentro.